Laborde passe son exil à la Réunion et à Maurice chez les missionnaires et chez Lambert.

En 1859 la Reine meurt . Son fils Rakotondradama monte sur le trône sous le nom de Radama II. Jean Laborde est rappelé aussitôt ainsi que Lambert avec qui Rakotondradama avait signé un contrat secret mirobolant lui concédant toute l'exploitation des mines, du bois etc..., la construction des routes et bien d'autres privilèges . Le contrat est confirmé, ce qui n'est pas du goût des hauts dignitaires. Radama Il est jeune et utopique. Il a un groupe d'amis de débauche, les Menamaso, qui lui servent de police parallèle. C'en est trop. Le Premier Ministre prend la tête d'un complot visant à éliminer le Roi et le . Mai 1862, soit 3 ans après son accession au trône, il est étranglé dans l'enceinte du Rova.

Mais quelque temps avant la mort de Radama, Jean Laborde avait été nommé le 12 Avril 1862, Consul. de France par Napoléon IIl, Empereur des Français.

Pour le seconder, il fit venir son neveu CAMPAN comme secrétaire (qui amena sa mère, soeur de Jean Laborde).

Durant son Consulat, il eut à régler plusieurs litiges entre des ressortissants français et le gouvernement malgache, ainsi qu'entre les deux gouvernements. Il trouva cependant le temps de participer à l'élaboration de la première carte à l'échelle 1/200.000e de l'Imerina Central, avec Grandidier.

Il meurt à Tananarive le 27 Décembre 1878. Ranavalona Il lui fait faire des funérailles nationales.